La idea es meter en un vector en qué posición están los píxeles que nos interesan (usaremos dos vectores, uno para las filas y otro para las columnas). El primer problema en este paso es que en un principio no sabemos la longitud que va a tener nuestra imagen, y por lo tanto, no sabemos la longitud con la que se deben crear esos vectores. Para solucionar este problema voy a usar la librería estándar de C++, en concreto la clase vector que permite acceder a los elementos como un array pero a la vez permite añadir elementos como si fuera una lista.
Para entender la librería he usado las siguientes páginas:
cplusplus (en)
Wiki (en)
La imagen a analizar es una sencilla que he creado con el gimp, en escala de grises, donde el cuadro blanco está entre los puntos (40,40) y (80,80).

Ejecutando mi programa consigo el siguiente resultado:

Viendo así que quedan identificados todos los puntos que nos interesan en la imagen.